São dois grupos de mamíferos que causam maior incômodo ao homem, transmitindo doenças graves: roedores e morcegos. Por ser mamífero, o combate a esses animais deve ser cuidadoso, pois qualquer veneno utilizado para matá-los é extremamente tóxico também para as pessoas e animais domésticos. Como já dito para os artrópodes, o conhecimento sobre o comportamento, os hábitos alimentares e seu habitat são essenciais para iniciar as medidas de eliminação ou redução de infestação de roedores e morcegos.
Os morcegos são muito conhecidos como os responsáveis pela transmissão da raiva.
